Portable Batch System (PBS)

Короткая инструкция "Как запускать задачи под PBS"

Запуск задачи:

• qsub [-key val] script_name на одну из очередей: xxl, large, medium, short
  Ключи и параметры можно также указать в заголовке выполняемого файла (скрипта), например:
  #QSUB -l cput=20:00:00
  Если Вы не задаете максимальное процессорное время ни в скрипте, ни с помощью команды qsub, то задача автоматически ставится в класс l (до 5 суток, см. Конфигурации очередей (классы).

• Подробное описание смотрите в man qsub. Уведомление о выполнении задания по E-mail отныне функционирует корректно, если указан реальный адрес.

• Установите shell в Вашем скрипте: ДОЛЖЕН быть: #!/bin/csh, #!/bin/tcsh, #!/bin/bash или #!/bin/sh

  пример скрипта

• скрипт должен начинаться со строк:
  #!/bin/csh
  #PBS -N job_name
  #PBS -l cput=20:00:00 #PBS -m b
  #PBS -m e
  #PBS -m a
  #PBS -M user@somewhere.ru

Проверка статуса выполнения Вашей задачи:

• qstat -a -u user_name
  

  Подробнее см. man qstat.

Удаление заданий осуществляется командой qdel qid, где qid - номер задания в очереди, например:

• qdel 123

  Подробнее см. man qdel.

Для дополнительной информации смотрите:

свойства PBS :

• автоматическая балансировка загрузки,
• поддержка интерактивных процессов (не запущена, и не планируется. V.K.),
• графический интерфейс,

...и многие другие.

Важные замечания: ошибки, изменения, другое

Старайтесь запускать задачи, в особенности длительные, с локальных дисков нодов (cd /scratch в исполняемом скрипте). В этом случае дисковое пространство у вас не будет лимитироваться и ваша задача со значительно меньшей вероятностью может быть прервана из-за сетевых сбоев и штатных или нештатных перезагрузок серверов. Перезапуск нодов крайне маловероятен, ферма hydra (кластер CMS) до переноса в другое помещение проработала ровно год без остановок.

СОДЕРЖАНИЕ

• Конфигурация PBS
• Команды PBS
• Докумнетация PBS
• Первые шаги в пользовании PBS
  • Запуск/выполнение задач
  • Проверка статуса выполнения задач и работы PBS
  • Выходные LOG и ERR файлы
  • Пример скрипта
• Полезные линки о PBS

Конфигурация PBS

Конфигурация ресурсов

Кластер состоит из сервера rrcsrv.itep.ru, на который разрешен интерактивный логин (клиентский ресурс) и 4-ех (на 07.02.2001) процесорных ресурсов (нодов), на которых выполняются задачи, которые Вы можете запустить только с сервера rrcsrv. На ноды интерактивный логин запрещен, однако, их лосальные диски видны с сервера rrcsrv, кластера CMS, и машин, находящихся под централизованным администрированием. Данные можно скопировать и удалить с жестких дисков нодов (/scr/rrc00#) любым удобным для вас способом (для удаленных машин вне itep.ru только scp или rsync -e ssh).

• процессорные ресурсы:

  • RRCSRV: 8 процессоров rrc000 ... rrc003 (по 2 процессора в ноде)
  
  

• клиентские ресурсы:

  • LINUX: rrcsrv, кластер CMS, машины, находящиеся под централизванным администрированием.
  • другие: с ограниченным доступом (предполагаются в будущем)

Конфигурации очередей (классы)

xxl; процессорное время свыше 5 суток (не ограничено)

large; максимальное процессорное время = 432000.0 c ( 7200 мин = 5 суток)

medium; максимальное процессорное время = 86400.0 c ( 1440 мин = 24 часа)

short; максимальное процессорное время = 18000.0 c ( 300 мин = 5 часов)

Другие параметры (количество задач на одного пользователя, общее количество задач на класс (xxl, large, medium, short), полное количество одновременно исполняемых задач и количество задач для конкретного пользователя или группы etc) могут меняться администратором в соответствии с загрузкой и текущими задачами.

Использование PBS: Первые Шаги

!!!! Пожалуйста, ознакомьтесь с этой страницей: !!!!

Как запустить задачу под PBS

Общая информация:
Вы должны зайти на rrcsrv с помощью команд slogin или ssh (файловая система общая), перекачать свой код и PBS скрипт (или создать скрипт), а также все необходимые для задачи входные файлы и запустить свою задачу. Она начнет выполняться на одном из процессорных ресурсов, указанных выше.